Региональная разобщенность налогообложения выражается различным образом.
Во-первых, даже в регионах, которые имеют территориальную близость, региональные налоги и сборы могут иметь значительные различия, а сумма налога, уплачиваемая в бюджет, может различаться в десятки раз. В качестве примера возможно привести патентную систему налогообложения в отношении перевозок в Москве и Подмосковье.
Кроме того, проблемы возникают при установлении кадастровой стоимости, так в различных регионах кадастровая стоимость для целей определения суммы налога на имущество, а также земельного налога, уплачиваемого в бюджет, может значительно различаться. В результате различий в кадастровой стоимости субъекты малого вынуждены реализовывать имущество или земельные участки, закрывать бизнес или использовать судебную перспективу определения кадастровой стоимости.
Во-вторых, обращает на себя внимание разобщенность предоставления льгот, что подразумевает под собой различный состав документов для получения льгот, различные условия для предоставления льгот. В этой связи, имея земельные участки в регионах, субъект малого предпринимательства не может воспользоваться режимом «одного окна» и получить льготу. Ряд авторов обращают внимание на сложности в обосновании льгот, «соблюдение законодательно определенных критериев льготы по статусу плательщика, его фактической деятельности, соблюдению стоимостных ограничений и времени использования льготы»1. Региональное развитие льгот предусматривает определенные сложности для субъектов малого предпринимательства в получении и использовании общедоступных критериев льгот, необходимо обращаться в местную администрацию, изучать перечень необходимых документов, обосновывать правомерность получения льготы.