В работе впервые проанализирована структура доходов и расходов федеральных учреждений здравоохранения различной ведомственной принадлежности, в частности, федеральных клиник, подведомственных Министерству здравоохранения России. Обсуждаются возможности использования существующей системы статистической и финансовой отчетности для количественного оценивания эффективности бюджетного финансирования федеральных учреждений здравоохранения. Предметом подробного анализа являются институциональные характеристики механизма финансирования федеральных клиник, в том числе предпринятые в последнее время попытки его изменения. Показано, что применяемый механизм обеспечивает многослойное финансирование деятельности федеральных клиник, воспроизводит затратный тип хозяйствования и не совместим с требованиями эффективного использования ресурсов. Предложены рекомендации по изменению порядка бюджетного финансирования клинической деятельности федеральных учреждений здравоохранения.