В царствование Федора в защиту греческого языка написана была статья, которая начинается постановкой вопроса и ответом на него: «Учитися ли нам полезнее грамматики, риторики, философии и феологии и стихотворному художеству и оттуду познавати Божественная Писания, или, не учася сим хитростем, в простоте Богу угождати и от чтения разум святых писаний познавати, – и что лучше российским людем учитися греческого языка, а не латинского». Латинское учение по этой статье безусловно вредно и губительно, грозит двумя великими опасностями: прослышав о принятии этого учения в Москве, лукавые иезуиты подкрадутся со своими неудобопознаваемыми силлогизмами и «душетлительными аргументами», и тогда с Великой Россией повторится то же, что испытала Малая, где «быша мало не все униаты – редции осташася во православии»; потом, если в народе, особенно в «простаках», прослышат о латинском учении, не знаю, пишет автор, какого ждать добра, «точию избави Боже всякие противности».
В 1681 г. при московской типографии на Никольской открыто было училище с двумя классами для изучения греческого языка в одном и славянского в другом. Руководил этой типографской школой долго живший на Востоке иеромонах Тимофей с двумя учителями-греками. В школу вступило 30 учеников из разных сословий. В 1686 г. их числилось уже 233 человека. Потом заведена была и высшая школа, Славяно-греко-латинская академия, открытая в 1686 г. в Заиконо-Спасском монастыре на Никольской же. Руководить ею призваны были греки братья Лихуды. Сюда перевели старших учеников типографского училища, которое стало как бы низшим отделением академии.
В 1685 г. ученик Полоцкого, Сильвестр Медведев, поднес правительнице царевне Софье привилегий, или устав академии, составленный еще при царе Федоре. Характер и задачи академии ясно обозначены некоторыми пунктами устава. Она открывалась для людей всех состояний и давала служебные чины воспитанникам. На должности ректора и учителей допускались только русские и греки; западнорусские православные ученые могли занимать эти должности только по свидетельству достоверных благочестивых людей. Строго запрещалось держать домашних учителей иностранных языков, иметь в домах и читать латинские, польские, немецкие и другие еретические книги; за этим, как и за иноверной пропагандой среди православных, наблюдала академия, которая судила и обвиняемых в хуле на православную веру, за что виновные подвергались сожжению. Так продолжительные хлопоты о московском рассаднике свободных учений для всего православного Востока завершились церковно-полицейским учебным заведением, которое стало первообразом церковной школы. Поставленная на страже православия от всех европейских еретиков, без приготовительных школ, академия не могла проникнуть своим просветительным влиянием в народную массу и была безопасна для раскола.
Содействие раскола западному влиянию. Сильнее воздействовал раскол в пользу западного влияния, которым был вызван. Церковная буря, поднятая Никоном, далеко не захватила всего русского церковного общества. Раскол начался среди русского духовенства, и борьба в первое время шла собственно между русской правящей иерархией и той частью церковного общества, которая была увлечена оппозицией против обрядовых новшеств Никона, веденной агитаторами из подчиненного белого и черного духовенства. Даже не вся правящая иерархия была первоначально за Никона: епископ Коломенский Павел в ссылке указывал еще на трех архиереев, подобно ему хранивших древнее благочестие. Единодушие здесь устанавливалось лишь по мере того, как церковный спор передвигался с обрядовой почвы на каноническую, превращался в вопрос о противлении паствы законным пастырям. Тогда в правящей иерархии все поняли, что дело не в древнем или новом благочестии, а в том, остаться ли на епископской кафедре без паствы или пойти с паствой без кафедры, подобно Павлу Коломенскому.