Основными проблемами строительной отрасли является нехватка финансирования и отсутствие льготного налогообложения в данной отрасли. Субъекты малого предпринимательства в строительной отрасли вынуждены применять общую систему налогообложения, поскольку строительство предполагает значительные расходы на приобретение основных средств, материалов, производственных запасов, при этом применение упрощенной системы налогообложения не позволяет принять НДС к вычету, а, следовательно, потери строительных компаний, а также компаний, связанных с производством строительных материалов, значительны. Одновременной тенденцией является дополнительное налогообложение работ, выполняемых для собственных нужд, например, строительство производственных помещений, офисов, складов для хранения материалов. Так, на основании пп.3 п.1 ст.146 НК РФ предусмотрено налогообложение НДС в отношении выполнения строительно-монтажных работ для собственного потребления, при этом налогооблагаемая база определяется как стоимость выполненных работ, исходя из фактически произведенных расходов на их реализацию.