Звание помощника государственного секретаря по департаменту иностранных дел, коим заведовал тогда лорд Гренниль, было возмездием за деятельное участие, которым Каннинг содействовал успеху мер правительства, умевшего оценить влияние, дарованием его приобретенное в нижнем парламенте. В 1801 году, по заключении Амиенского мира, Питт предвидел возможность сближения Англии с Французским правительством и, следовательно, ниспровержение системы им основанной. Он отошел от кормила государственного, ибо в Англии министр и система его составляют одно целое, нераздельное, и он не переживает создания своего.
Каннинг последовал его примеру. В 1802 году был он снова избран членом парламента от города Трале в Ирландии и стал в ряды оппозиции: тогда главою министерства был Аллингтон (лорд Сидмут), и преемник Питта имел в его бывшем сподвижнике упорного и опасного противника. Новый министр решил объявление войны Англии против Франции и Каннинг силою речей своих много способствовал сей мере; сие обстоятельство доказывает, что, считаясь в рядах оппозиции, он не заключил безусловного союза с Фоксом, Гренвилем и другими значительными начальниками, которые хотели ниспровергнуть первого министра. В разрыве Амиенского мира, Пит с новым торжеством и с новым могуществом принял бразды управления. Из рядов оппозиции Каннинг перешел снова в союзники министерства, коего он был единомышленником.