Македонию называют «Швейцарией Балкан». В Македонии горных пиков больше, чем в любой другой стране Европы. В Македонии насчитывается 34 горных вершин более чем 2000 метров над уровнем моря. Большинство пиков в стране никогда не посещали люди.
Гора Кораб – высшая точка Македонии (2764 м). Во время албанско-македонского конфликта у подножия горы заложили мины, поэтому восхождение на гору ограничено.
Центральная часть Македонии представляет собой мозаику более низких гор и межгорных котловин.
Ущелье Демир Капия (тур. demir kapı – железные ворота) – самое протяжённое ущелье (19 км.) на реке Вардар.
В 15 км к юго-западу от Скопье находится памятник природы.
В районе ущелья Матка расположено десять пещер, длиной от 20 до 176 метров, и две пропасти, глубина которых составляет 35 метров.
В Македонии 53 озера. Охридское озеро, расположенное на крайнем юго-западе страны на высоте 695 м над уровнем моря, Македония делит с Албанией. Охридское озеро большое (450 кв. км) и самое глубокое в Европе (до 285 – 300 м).
Охридское озеро соединено подземными карстовыми полостями с озером Преспа. По уникальному составу экосистемы Охридское озеро близко к Байкалу. Вода в нем настолько чиста, что позволяет видеть дно на расстоянии 22 метров. Принадлежащее Македонии побережье Охридского озера окружено горами.
Почти все реки Македонии принадлежат бассейну Эгейского моря. Исключение составляет река Дрин, вытекающая из Охридского озера и впадающая в Адриатическое море.
Самый старый в Европе чинар находится в Охриде – его возраст более 500 лет.
Балканы – место стыка тектонических плит. Юг Македонии, регион реки Вардар, известен как зона высокой сейсмической активности.
Природные ресурсы Македонии: уголь, хром, свинец, цинк.
В мраморных карьерах в Прилепине добывают чистейший мрамор с мелким зерном, похожим на снег. Белый мрамор из Македонии использовался для мечети шейха Зайда в Абу-Даби и Храма Христа Спасителя в Москве.
Македония – сельскохозяйственная страна, полностью обеспечивающая себя продовольствием и экспортирующая в Европу плоды земледелия.
В Охридском озере водятся десятки видов рыб, в том числе 13 видов карповых (один из них эндемичный), европейский угорь, лососевые, в том числе эндемичный охридский лосось и форель.