До сих пор крепкое здоровье Марии от огорчений, частых разъездов и неудобств тюремного заключения наконец ослабло, и до такой степени, что она слегла. С той мыслью, что она уже на смертном одре, Мария (8 ноября 1582 года) написала к Елизавете письмо, в котором обстоятельно изложила ей все события своей жизни и представила все доводы, которые могли служить ей к оправданию. В это же время доктора, лечившие пленницу, испрашивали у Елизаветы разрешения их больной пользоваться водами Бокстона; к голосу врачей присоединились испанский и французский посланники. Их вмешательство показалось Елизавете подозрительным, и лорду Шрюсбюри она поручила не терять Марию из виду во все время ее пребывания на водах.
Самым великодушным из всех европейских государей оказался в это время король французский Генрих III, и посланник его Мовиссьер был особенно настойчивым в ходатайстве об облегчении участи шотландской королевы. Напоминаем читателю, что Мария была двоюродной сестрой Генриха Гиза, врага короля французского; лигёры колебали его трон, междоусобицы раздирали Францию, и при всем том Генрих III непритворно жалел пленницу Елизаветы и сделал для нее все, что мог. Королева английская, письменно уверяя его в своем сострадании к Марии, уклоняясь от решительного ответа, продолжала издеваться над королевой шотландской. Доведенная до последней крайности, страдалица написала ей письмо, стоившее ей немало слез, так как в нем Мария торжественно отрекалась от престола в пользу своего сына, умоляя свою мучительницу единственно об освобождении и дозволении навеки удалиться во Францию… Это письмо осталось без ответа. Французскому посланнику было передано, что королева английская охотно согласилась бы на просьбу своей пленницы, но безопасность государства запрещает оказать ей милосердие, так как она мятежница. На тайном совете, созванном Елизаветой для решения участи королевы шотландской, граф Лейчестер предложил развязаться с Марией Стюарт при помощи яда. Это предложение доказывало, что семнадцать лет тому назад злодей с этой же самой целью сватался за королеву шотландскую. Гнусное предложение Лей-честера было, однако, отвергнуто государственным секретарем Уолсингэмом. Покуда шли эти переговоры, пленницу перевезли опять в Тюттбюри, где для ее жилища назначили две сырые низенькие каморки, в которых не согласился бы жить самый последний поденщик. Надзор был доверен сэру Эмиасу Паулету, в 1559 году бывшему посланником при французском дворе, где его видела Мария Стюарт, тогда юная новобрачная. С годами этот человек из ловкого царедворца превратился в угрюмого, брюзгливого нелюдима, неумолимого формалиста, бездушного автомата, соединившего, однако, в своей особе жестокосердие палача с благородной прямизной. Этот новый тюремщик Марии Стюарт под окнами ее темницы в одно прекрасное утро повесил католического священника за то, что тот назвал королеву шотландскую мученицей и пожалел о ней. Дважды в сутки, утром и вечером, Паулет навещал свою узницу, шарил в ее комнате по всем углам, осматривал стены, постель королевы, ее платья. Малейшая просьба пленницы была для Паулета вопросом государственным, решение которого он ни под каким видом не осмеливался взять на себя. Жалуясь на неудобства своей новой тюрьмы, Мария просила, между прочим, дать ей постель помягче; Паулет отказал ей и в этой безделице. Совещания Елизаветы с Уолсингэмом и Лейчестером окончились; тот и другой решили, что смерть Марии Стюарт – необходимость, и Паулету был прислан приказ умертвить пленницу. Старик отвечал, что он может быть тюремщиком, но не палачом. Лейчестер прислал нескольких подкупленных солдат для убийства пленницы; Паулет вытолкал их вон из своей комнаты при первых же словах о цели их посещения. Видя, что тайное убийство невозможно, Уолсингэм решил ждать повода к законному приговору Марии Стюарт к смертной казни, в полной уверенности, что ждать не придется долго. Шпионы, рассеянные по городам Англии и Шотландии, прислушивались к народной молве и зорко следили за теми, которые осмеливались выражать свое сожаление об участи королевы шотландской. Некто богатый землевладелец графства Дерби, Антоний Бэбингтон, католик по вероисповеданию и ревностный приверженец Марии Стюарт, составил обширный заговор в ее пользу, имевший целью убийство Елизаветы и возведение на английский престол освобожденной из заточения королевы шотландской. Увлекшись этой мечтой или, вернее, химерой, Бэбингтон привлек к себе множество своих единоверцев, в особенности же из среды лиц духовного звания. В числе заговорщиков был священник Гиффорд, который, рассудив, что доносчик никогда ничего не потеряет, довел замыслы Бэбингтона до сведения Уолсингэма. Некоторые из заговорщиков, вовремя уведомленные, спаслись бегством; сам Бэбинг-тон с двенадцатью товарищами был схвачен, и все они после непродолжительного следствия были казнены. Со смертью их поспешили именно затем, чтобы отнять у Марии Стюарт возможность сослаться на их показания, так как ее обвинили в соучастии и организации этого заговора, о котором она имела понятие единственно по слухам. По повелению Елизаветы у пленницы были захвачены все бумаги, находившиеся при ней в темнице; секретарей ее, Кюрля и Ноу, арестовали, и судилище началось.
Мария, как и в первый раз, объявила членам следственной комиссии, что не признает над собой власти законов английских, что о заговоре Бэбингтона ничего не знает; что бумаги, по которым ее уличают, все до единой подложные; что, наконец, показания против нее обоих секретарей вынуждены у них невыносимыми пытками. Шатонёф, посланник Генриха II, взяв на себя защиту Марии Стюарт, добился аудиенции у Елизаветы. Королева выслушала его с глубочайшим вниманием, вполне согласилась со всеми его доводами в пользу своей жертвы; сказала, что искренне ей сочувствует, рада сделать все, что только возможно для ее спасения, и в заключение прокляла безжалостные законы своего государства. Шатонёф обратился к сыну Марии, укоряя его в равнодушии.