В 1764 году императрица Екатерина II изволила повелеть учредить при университете анатомический театр для изучения анатомии. Среди редкостей медицинского кабинета был «зубной ключ Петра Великого». Через три года в наказе генерал-прокурору императрица об университете писала: «В тяжелых материях или разногласии между учеными по усмотрению генерал-прокурора требовать мнения университета».
В 1768 году, вскоре после издания наказа Екатерины II, лекции на всех факультетах университета начали читать природные русские и на русском языке. Главным противником языка латинского был профессор Поповский, который при открытии своих философских лекций объявлял: «Нет такой мысли, кою бы по-российски изъяснить невозможно было».
В 1785 году императрица пожаловала университету место на Моховой, прежде принадлежавшее князю Барятинскому, и 125 тысяч рублей для построения нового дома. К 1788 году дом был выстроен и при нем церковь великомученицы Татианы, расписанная художником Клауди. В храме находились две иконы Николая Чудотворца и Елисаветы, писанные римским живописцем Рубио в стиле византийском.
В 1794 году университет совершил первое производство в степень доктора медицины.
Екатерина II писала: «Я вовсе не люблю Москвы и откровенно выскажу мое чувство: Москва – столица безделия, и ее чрезмерная величина всегда будет тому главной причиной. В Москве на каждом шагу иконы, церкви, попы, монастыри, богомольцы, нищие, воры, бесполезные слуги в домах, и какие дома, и какая грязь в домах, площади которых огромны, а дворы – грязные болота».
Такая Москва и ее брадатый народ, похожий в охабнях на дымных медведей, долго косились на новую затею, на «лампаду света, возжженную в древней столице», и на ее «персон» в пудре и косицах, словно бы шведов в синих кафтаньях. По Москве ходили слухи, что на Моховой немцы режут живьем православный народ. Слухам верила не только чернь и челядь, но и московские барыни, бригадирши с Балчугов или Сивцева Вражка, но и полиция. Профессору анатомии Эразмусу приходилось читать особые лекции о том, что наука отнюдь не безбожие, а медицина не живодерное ремесло.