Родился в Баку в 1922 году, после окончания школы вступил в ряды ВМФ. С 1940 по 1956 годы Евгений Войскунский служил на Балтийском флоте, участвовал в обороне Ханко, Ленинграда, в отставку вышел в звании капитана 1-го ранга. Заочно окончил Литературный институт имени М.Горького. В 1950-х годах публикуется его военная проза, маринистика. В фантастике он дебютировал в 1962 году романом «Экипаж `Меконга`», написанным в соавторстве с Исаем Лукодьяновым. Затем последовали их повесть «Черный столб», сборник рассказов «На перекрестках времени», романы "Очень далекий Тартесс, «Плеск звездных морей», «Ур, сын Шаха» и другие. В конце 1970-х годов Евгений Войскунский стал одним из руководителей «малеевского» семинара молодых писателей-фантастов.